Cette série met en scène une délégation de scientifiques et de
militaires partis explorer la cité mythique d'Atlantis, située dans la
galaxie de Pégase, et découverte grâce à un avant-poste extra-terrestre
situé sur Terre.
Daniel Jackson (qui apparaît dans le premier
épisode) découvre l'adresse complète à 8 symboles de la porte des
étoiles de la cité mythique d'Atlantis.
Pour activer cette porte qui se trouve dans la galaxie de Pégase, une très puissante source d'énergie est nécessaire.
Le général O'Neill (qui apparaît aussi dans le premier épisode) accepte d'utiliser l'unique E2PZ
(Extracteur de Potentiel du Point Zéro, « ZPM » en Anglais) en
possession des Terriens afin d'avoir la puissance nécessaire pour
activer la porte vers Atlantis.
Une équipe internationale de chercheurs et militaires est envoyée au travers de la porte afin d'établir un nouvel avant poste.
Tous savent qu'il n'y aura pas de voyage de retour possible s’ils ne
trouvent pas la source d'énergie nécessaire afin d'activer la porte
dans l'autre sens.
La galaxie de Pégase possède un autre réseau de portes des étoiles
(d'aspect différent des portes de notre galaxie) qui a aussi été
construit par les Anciens,
mais seule la porte d'Atlantis a la capacité d'établir une connexion
vers la Terre. Au cours de leur première visite d'une planète, grâce au
nouveau réseau de portes de la galaxie de Pégase, l'équipe d'Atlantis
découvre un nouvel ennemi appartenant à une race d'extraterrestres
appelés Wraith. Ce nouvel ennemi semble bien plus redoutable que ne
l'étaient les Goa'uld...
De nouvelles équipes s'organisent, et l'équipe 1, la principale, est
constituée du major, puis lieutenant-colonel John Sheppard, militaire
américain, du Docteur Rodney McKay, astrophysicien canadien, de Teyla
Emmagan, native de Pégase, du lieutenant Aiden Ford dans la première
saison et de Ronon Dex, également natif de Pégase, dès la seconde.
Fidèle à SG-1, cette série est également le théâtre de
nombreux pinces-sans-rire. Ainsi, Rodney est considéré comme le
"cerveau" de l'équipe, particulièrement efficace en cas de situation
désespéré. On peut ajouter à son palmarès la destruction involontaire
de nombreuses planètes (rappelée fréquemment par Sheppard), dûe aux
fausses manipulations des objets créés par les Anciens. Rodney
considère Ronon et Teyla comme étant respectivement Conan le barbare et
Xéna la guerrière. Enfin, l'équipe se compose du Docteur Weir, chef et
responsable d'Atlantis (elle a dirigé un temps le SGC dans la septième
et huitième saison de Stargate:SG1), Zelenka, "second" cerveau après
Rodney, mais aussi le Docteur Carson Beckett, responsable de
l'infirmerie.
Les épisodes tournent autour des grands thèmes classiques de SG-1 :
la découverte de nouveaux mondes, l'établissement de relations
amicales, d'échanges de technologies, mais également de nouveaux thèmes
propres à la série comme la recherche de technologies appartenant aux
Anciens (beaucoup plus fructueuse dans la galaxie de Pégase) ou encore
escarmouches contre les Wraiths ou contre les Geniis.
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