Bien que Simon Beaufoy (Full Monthy, Slumdog Millionaire) ait un temps été approché, c'est finalement à Christopher McQuarrie qu'échoie la tâche d'écrire pour Fox et Marvel le scénario de X-Men Origins : Wolverine 2. Le scénariste de Usual Suspects et Valkyrie (ainsi que scénariste-réalisateur du westerno-polar gay Way of the Gun) connaît plutôt bien le personnage de Hugh Jackman puisqu'il était l'auteur d'une première version du scénario de X-Men avant de retirer son nom du générique, le résultat final appartenant davantage au scénariste David Hayter. On rappelle que cette suite reprendra des éléments du comics de Chris Claremont et Frank Miller publié au début des années 80 et dans lequel on suivait les pérégrinations de Logan au Pays du Soleil Levant.