.hack//Roots

Sept ans ont passé depuis la victoire de Kite et ses amis. Malheureusement, l'existence de The World a entre temps été gravement compromise par l'incendie qui a partiellement ravagé la société conceptrice du jeu, CC Corp. Une nouvelle version du jeu voit néanmoins le jour quelque temps plus tard : The World R:2. Bien qu'elle soit nettement plus performante que la précédente, cette version subit l'assaut de PK ou "Player Killers" qui déciment un à un les joueurs débutants. Nouvel arrivant dans l'univers de The World, Haseo subit dès sa première connexion l'attaque de ces redoutables joueurs. Il est sauvé in extremis par Ovan, un individu mystérieux que seconde une jeune femme tout aussi énigmatique du nom de Shino. Tous deux semblent tenir absolument à ce que Haseo rejoigne leur Guilde, la Brigade du Crépuscule, dont le but n'est autre que de trouver la fameuse "Clé du Crépuscule" qui hante The World depuis sa création...